Kontroversi muncul di pondok pesantren Al Zaytun setelah unggahan shaf shalat Idul Fitri campur laki-laki dan perempuan. Panji Gumilang menyatakan perempuan bisa jadi khatib dalam shalat Jumat. Terdapat dugaan tindak pidana yang melibatkan pimpinan pondok pesantren, diselidiki oleh Tim Peneliti MUI Pusat. Mereka kumpulkan data terkait pemahaman keagamaan, tindak pidana, kekerasan, dan sumber dana. Firdaus Syam menambahkan bahwa tim peneliti MUI Pusat telah menemukan temuan terkait pondok pesantren Al Zaytun yang terafiliasi dengan gerakan radikal Negara Islam Indonesia (NII).